ตามที่สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ(พศ.) จัดสัมมนาเชิงปฏิบัติการการประชาสัมพันธ์เชิงบูรณาการภายใต้แนวนโยบายประเทศไทย 4.0 ประจำปีงบประมาณ พ.ศ.2560 ที่ รร.รอยัลริเวอร์ กรุงเทพฯ นายออมสิน ชีวะพฤกษ์ รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ที่กำกับดูแล พศ. กล่าวถึงกรณีที่ปปป. นำกำลังหลายหน่วยงานลงพื้นที่ตรวจสอบบ้านอดีต ผอ.พศ. หาข้อมูลหลักฐานเพิ่มเติมในคดีเงินทอนวัด ว่า เป็นขั้นตอนของปปป. ที่ต้องดำเนินการในคดีนี้ อย่างไรก็ตามในส่วนการดำเนินการของหน่วยงานอื่นนั้น ล่าสุดทางสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน(สตง.) ได้รายงานผลการตรวจสอบกรณีงบประมาณอุดหนุนบูรณปฏิสังขรณ์วัดในส่วนที่สตง.ดำเนินการอยู่พบว่า มีความผิดปกติ 30 วัด เป็นวัดในพื้นที่ต่างจังหวัดทั้งหมด มีข้าราชการ พศ. เกี่ยวข้อง 13 ราย พระสงฆ์ระดับพระครู 2 รูป ซึ่งเป็นพระจากวัดทางภาคใต้ โดยในส่วนของข้าราชการพศ. นั้น พบเป็นอดีต ผอ.พศ. อดีตรอง ผอ.พศ. คนเดียวกับที่เคยมีชื่อเกี่ยวข้องกับคดีนี้มาก่อนหน้านี้แล้ว อย่างไรก็ตามปัญหาเรื่องเงินทอนวัดนั้นส่วนใหญ่พระสงฆ์ไม่รู้เรื่อง แต่ปัญหาเกิดจากข้าราชการของพศ.
ด้านนายกนก แสนประเสริฐ รองผอ.พศ. รักษาราชการแทนผอ.พศ. กล่าวว่า ทางสตง.ได้ทำหนังสือแจ้งมายังพศ.เช่นกัน โดยขอให้ทางพศ.พิจารณาโทษทางวินัยในส่วนของข้าราชการพศ. ที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งให้พิจารณาดำเนินการตามกฎหมายผู้ที่มีส่วนเกี่ยวข้องทั้งหมดด้วย เนื่องจาก พศ. ถือเป็นผู้เสียหาย ดังนั้นตนจะให้ฝ่ายกฎหมายรวบรวมข้อมูล หลักฐาน มาพิจารณาว่า จะสามารถจะดำเนินการตามกฎหมายใดได้บ้าง
ความคืบหน้าเกี่ยวกับคดีดังกล่าว มีรายงานว่า ในวันที่เจ้าหน้าที่ ปปป. นำหมายเข้าตรวจค้นบ้านนายพนม ศรศิลป์ อดีตผอ.พศ. ย่านถนนพุทธมณฑลสาย 4 อ.สามพราน จ.นครปฐม เมื่อวันที่ 21 ก.ย.นั้น พนักงานสอบสวนมีการตรวจพบการลงลายมือชื่อในเอกสารเกี่ยวกับการอนุมัติการจัดสรรและโอนจ่ายเงินค่าอุดหนุนค่าใช้จ่ายในการจัดพิธีมอบพัดและเกียรติบัตรหน่วยอบรมประชาชนประจำตำบล(อปต.) ดีเด่น ประจำปี 2555 ให้กับวัดไร่ขิง พระอารามหลวง เป็นจำนวนเงินกว่า 3.2 ล้านบาท และยังพบว่าเมื่อทางวัดไร่ขิงมีการรับโอนเงินจำนวนดังกล่าวแล้ว ในช่วงต้นเดือนม.ค.2556 นายพัฒนา สุอำมาตย์มนตรี นักวิชาการชำนาญการ พศ. นำเอกสารมอบอำนาจที่ระบุข้อความว่าเจ้าอาวาสวัดไร่ขิงมอบให้นายพัฒนา เป็นผู้มีอำนาจและรับผิดชอบการเบิกจ่ายเงินดังกล่าว และต่อมาได้มีการโอนเงินเข้ายังบัญชีธนาคารของนายพัฒนา จึงเป็นการดำเนินการที่ไม่ชอบด้วยกฎระเบียบ เป็นเหตุให้พศ.ได้รับความเสียหาย จึงมีการแจ้งความร้องทุกข์ดำเนินคดีกับผู้ต้องหาตามความผิด พนักงานสอบสวนจึงแจ้งข้อกล่าวหาให้ทราบ โดยนายพนม ขอให้การปฏิเสธตลอดข้อกล่าวหา พร้อมกับลงนามรับทราบไปแล้วนั้น
เมื่อวันที่ 23 ก.ย. ผู้สื่อข่าวได้รับการเปิดเผยเอกสารตราครุฑ ของกองพุทธศาสนศึกษา พศ. ลงวันที่ 20 ส.ค. 2555 เรื่อง โอนเงินอุดหนุนค่าใช้จ่ายในการจัดพิธีมอบพัดและเกียรติบัตรหน่วยอบรมประชาชนฯ กราบเรียนถึงเจ้าอาวาสวัดไร่ขิง มีข้อความระบุว่า กองพุทธศาสนศึกษา พิจารณาเห็นว่าวัดไร่ขิง มีความพร้อมและเหมาะสมในการเป็นสถานที่จัดพิธีมอบพัดและเกียรติบัตรหน่วยอบรมประชาชนประจำตำบลฯ จึงขออนุญาตใช้สถานที่ดำเนินการจัดงาน ในเบื้องต้นจะโอนเงินอุดหนุนเป็นค่าดำเนินการ จำนวนกว่า 3.2 ล้านบาท เพื่อเป็นค่าใช้จ่าย พร้อมกับขอให้เจ้าอาวาสวัดไร่ขิง กรอกรายละเอียดในแบบขอรับเงินผ่านธนาคารและแบบตอบรับเงินอุดหนุน เพื่อเป็นหลักฐานการโอนเงินดังกล่าว
แหล่งข่าวจากกองงานบัญชี สำนักงานวัดไร่ขิง กล่าวกับผู้สื่อข่าวว่า ทางวัดมีการจัดทำบัญชีรายรับ-รายจ่ายตามมาตรฐานอย่างรัดกุม จนได้การยอมรับว่าเป็นหนึ่งในสี่วัดเท่านั้นที่มีมาตรฐานการทำบัญชีวัด โดยยอดเงินที่ได้รับโอนเข้ามาในบัญชีธนาคารในกรณีนี้ ภายหลังเจ้าหน้าที่พศ.ได้นำเอกสารการมอบอำนาจมาให้เจ้าอาวาสลงนาม โดยอ้างว่าการใช้จ่ายในงานเป็นหน้าที่ของพศ. ท่านจึงเซ็นให้ไป ส่วนการจะนำไปใช้จ่ายผิดหรือถูกอย่างไรไม่เกี่ยวกับทางวัด หรือจะเป็นคดีการทุจริตงบประมาณก็ไม่เกี่ยวข้องกับทางวัดเช่นกัน เพราะมีหลักฐานในส่วนค่าใช้จ่ายของทางวัดทั้งค่าเจ้าหน้าที่ ค่าตกแต่งจัดเตรียมการสถานที่ ค่าน้ำ-อาหาร ฯลฯ พศ.ได้ให้ค่าจ่ายไว้เพียง 316,200 บาทเท่านั้น
